In Griekenland beschermt Natura 2000 313 plant- en diersoorten, 177 vogelsoorten en 89 verschillende habitats. Griekenland is een land dat, ondanks zijn kleine oppervlakte, een rijke biodiversiteit kent. Bovendien omvat de biodiversiteit van Griekenland een groot aantal soorten die endemisch zijn voor bepaalde gebieden. Enkele zeldzame soorten zijn onder meer de mediterrane monachus monachus-zeehond, de onechte karetschildpad, bepaalde walvissoorten en zeevogels.
Afhankelijk van het Natura 2000-gebied varieert het aantal beschermde soorten. Hier volgen enkele voorbeelden van die regio's, de gebruikte aanduiding en de kenmerken die worden beschermd.
Hier is de lijst met hoofdletters:
Ethnikos Drymos Prespon — 126
Limnes Vistonis, Ismaris - Limnothalasses Porto Lagos, Alyki Ptelea, Xirolimni, Karatza — 139
Techniti Limni Kerkinis - Oros Krousia — 135
Delta Nestou en Limnothalasses Keramotis en Nisos Thasopoula — 128
Delta Acheloou, Limnothalassa Mesolongiou - Aitolikou en Ekvoles Evinou, Nisoi Echinades, Nisos Petalas, Dytikos Arakynthos en Stena Kleisouras — 124
Amvrakikos Kolpos, Limnothalassa Katafourko en Korakonisia — 123
Wetland van Schinia — 98
Evrou-delta — 96
Kustmoerassen en de baai van Kalloni op Lesbos — 92
Zuidwestelijke Chersonisos, Apolithomeno Dasos Lesvou — 91
Nationaal Park Prespa
Van de vele nationale parken in Griekenland is er in het Prespa Nationaal Park, nabij de berg Varnoundas, een verbluffend aantal beschermde soorten te vinden. Meer dan de helft van de vogel-, amfibie- en zoogdiersoorten in heel Griekenland is hier te zien. Er zijn hier meer dan 1.800 plantensoorten. Prespa is ook een toevluchtsoord voor trekvogels die hier broeden, zoals de Dalmatische pelikaan. Er is ook een speciaal vogelobservatorium met een telescoop.
Het versteende bos van Lesbos
Het versteende bos van Lesbos is een ecosysteem uit het Mioceen. Het bos bestaat uit versteende boomstammen verspreid over een gebied van 15.000 hectare en wordt gekenmerkt door lagen vulkanisch gesteente. Sommige bomen zijn wel 18 miljoen jaar oud en zijn tijdens een uitbarsting versteend. Onder de fossielen bevinden zich botten van grote zoogdieren zoals paarden, runderen, herten en antilopen, die ooit in deze regio graasden. Een uniek dier dat in de versteende overblijfselen van Lesbos is gevonden, is het lagomorf, dat enigszins lijkt op de konijnen van vandaag.
Nationaal Park Evros-delta
Het Evros Delta Park is een van de beste wetlands voor vogelaars. U kunt hier de neushoornadder, de zandboa, de kattenslang, de ringslang, de dobbelstenenslang en andere soorten padden en salamanders zien. Ook zijn er enkele wolven en jakhalzen te zien in het Evros Delta National Park.